полимеразная цепная реакция в режиме реального времени

= количественная полимеразная цепная реакция

real-time polymerase chain reaction

[греч. polymeres — состоящий из многих частей, многообразный; лат. re- — приставка, обозначающая повторность действия, и actio — действие]

вариант полимеразной цепной реакции (см. полимеразная цепная реакция), при котором непрерывно регистрируется кинетика реакции, что позволяет количественно оценивать содержание определенных нуклеотидных последовательностей ДНК в сложной смеси молекул. Первый вариант этого метода был предложен П. Холландом с соавт. в 1991 г. (метод "TaqMan"). Согласно протоколу в реакционную смесь кроме обычных двух праймеров добавляют олигонуклеотидный зонд, меченный по 5'-концу флюорофором (см. флуорохром) и содержащий в своей центральной или 3'-части глушитель флуоресценции, который отжигается в каждом цикле реакции с центральным участком ампликона (Ампликон (2)) между двумя амплифицирующими его праймерами. Сам зонд не используется в качестве праймера, поскольку 3'-концевая гидроксильная группа блокирована ортофосфатом. В ходе реакции термостабильная Taq-полимераза вытесняет зонд из дуплекса, а затем за счет своей 5'→3'-экзонуклеазной активности отщепляет его 5'-концевой нуклеотид, меченный флуорофором. Чем выше концентрация амплифицируемой нуклеотидной последовательности в реакционной смеси, тем меньше требуется количество циклов для того, чтобы интенсивность флуоресценции освободившегося флуорофора в пробе превысила базальный уровень свободного зонда с глушителем. С этого момента (порог числа циклов) появляется возможность наблюдать за кинетикой реального накопления флуорофора в реакционной смеси.

см. также обратная транскрипция-полимеразная цепная реакция в режиме реального времени